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Molecular Dynamics Study of Resist Filling Process in UV-nanoimprint Lithography
[ 全著者名 ] Hiroki Uchida, Ryosuke Imoto, Tadashi Ando, Takao Okabe, and Jun Taniguchi
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF PHOTOPOLYMER SCIENCE AND TECHNOLOGY
[ 掲載年月 ] 2021年 6月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution
[ 全著者名 ] Masae Ohno, Tadashi Ando, David G. Priest, Yuichi Taniguchi
[ 掲載誌名 ] Nature Protocols
[ 掲載年月 ] 2021年 5月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
The crystal structure of the tetrameric human vasohibin-1–SVBP complex reveals a variable arm region within the structural core
[ 全著者名 ] Ikeda, Akihito and Urata, Seia and Ando, Tadashi and Suzuki, Yasuhiro and Sato, Yasufumi and Nishino, Tatsuya
[ 掲載誌名 ] Acta Crystallographica Section D-Structural Biology
[ 掲載年月 ] 2020年 10月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
G:U-Independent RNA Minihelix Aminoacylation by Nanoarchaeum equitans Alanyl-tRNA Synthetase: An Insight into the Evolution of Aminoacyl-tRNA Synthetases
[ 全著者名 ] Misa Arutaki, Ryodai Kurihara, Toru Matsuoka, Ayako Inami, Kei Tokunaga, Tomomasa Ohno, Hiroki Takahashi, Haruka Takano, Tadashi Ando, Hiromi Mutsuro-Aoki, Takuya Umehara & Koji Tamura
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION
[ 掲載年月 ] 2020年 5月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
RNA aptamers for a tRNA-binding protein from aeropyrum pernix with homologous counterparts distributed throughout evolution
[ 全著者名 ] Senri Ohmori, Marina Wani, Saki Kitabatake, Yuka Nakatsugawa, Tadashi Ando, Takuya Umehara and Koji Tamura
[ 掲載誌名 ] Life
[ 掲載年月 ] 2020年 2月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Glycyl-tRNA synthetase from Nanoarchaeum equitans: The first crystal structure of archaeal GlyRS and analysis of its tRNA glycylation
[ 全著者名 ] Alma Fujisawa, Risako Toki, Hideaki Miyake, Tomoko Shoji, Hiromi Doi, Hiromi Hayashi, Rina Hanabusa, Hiromi Mutsuro-Aoki, Takuya Umehara, Tadashi Ando, Hiroki Noguchi, Arnout Voet, Sam-Yong Park, Koji Tamura
[ 掲載誌名 ] BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
[ 掲載年月 ] 2019年 4月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Sub-nucleosomal Genome Structure Reveals Distinct Nucleosome Folding Motifs
[ 全著者名 ] Masae Ohno Tadashi Ando David G. Priest Vipin Kumar Yamato Yoshida Yuichi Taniguchi
[ 掲載誌名 ] CELL
[ 掲載年月 ] 2019年 1月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Principles of chemical geometry underlying chiral selectivity in RNA minihelix aminoacylation
[ 全著者名 ] Tadashi Ando, Shunichi Takahashi, Koji Tamura
[ 掲載誌名 ] NUCLEIC ACIDS RESEARCH
[ 掲載年月 ] 2018年 11月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms
[ 全著者名 ] Kobayashi, C. Jung, J. Matsunaga, Y. Mori, T. Ando, T. Tamura, K. Kamiya, M. Sugita, Y.
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
[ 掲載年月 ] 2017年 9月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm
[ 全著者名 ] Yu, I. Mori, T. Ando, T. Harada, R. Jung, J. Sugita, Y. Feig, M.
[ 掲載誌名 ] eLife
[ 掲載年月 ] 2016年 11月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Thermodynamics of Macromolecular Association in Heterogeneous Crowding Environments: Theoretical and Simulation Studies with a Simplified Model
[ 全著者名 ] Ando, T. Yu, I. Feig, M. Sugita, Y.
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
[ 掲載年月 ] 2016年 10月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
DNA double-strand breaks alter the spatial arrangement of homologous loci in plant cells
[ 全著者名 ] Hirakawa, Takeshi Katagiri, Yohei Ando, Tadashi Matsunaga, Sachihiro
[ 掲載誌名 ] Scientific Reports
[ 掲載年月 ] 2015年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Left-right asymmetry is formed in individual cells by intrinsic cell chirality
[ 全著者名 ] Hatori, Ryo Ando, Tadashi Sasamura, Takeshi Nakazawa, Naotaka Nakamura, Mitsutoshi Taniguchi, Kiichiro Hozumi, Shunya Kikuta, Junichi Ishii, Masaru Matsuno, Kenji
[ 掲載誌名 ] MECHANISMS OF DEVELOPMENT
[ 掲載年月 ] 2014年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Sliding of Proteins Non-specifically Bound to DNA: Brownian Dynamics Studies with Coarse-Grained Protein and DNA Models
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Skolnick, Jeffrey
[ 掲載誌名 ] PLoS Computational Biology
[ 掲載年月 ] 2014年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Ion Selectivity Mechanism of Escherichia Coli OmpF Porin: a Molecular Dynamics Simulation/ free Energy Calculation Study
[ 全著者名 ] Matsuura, Yasuhiro Yamato, Ichiro Ando, Tadashi Suenaga, Atsushi
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2014年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
生化学データに基づくシステムシミュレータの開発 ―大腸菌二段階増殖のシミュレーション―
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Itoh, Seigo Yamato, Ichiro
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2013年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(日本語)
Dynamic simulation of concentrated macromolecular solutions with screened long-range hydrodynamic interactions: Algorithm and limitations
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Chow, Edmond Skolnick, Jeffrey
[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Physics
[ 掲載年月 ] 2013年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
On the importance of hydrodynamic interactions in lipid membrane formation
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Skolnick, Jeffrey
[ 掲載誌名 ] BIOPHYSICAL JOURNAL
[ 掲載年月 ] 2013年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Krylov subspace methods for computing hydrodynamic interactions in Brownian dynamics simulations
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Chow, Edmond Saad, Yousef Skolnick, Jeffrey
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS
[ 掲載年月 ] 2012年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Alanine-based peptides containing polar residues presumably favour A-helical structure entropically
[ 全著者名 ] Kim, Wankee Yamato, Ichiro Ando, Tadashi
[ 掲載誌名 ] Molecular Simulation
[ 掲載年月 ] 2011年 4月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Role of Asp187 and Gln190 in the Na+/proline symporter (PutP) of Escherichia coli
[ 全著者名 ] Amin, Anowarul Ando, Tadashi Saijo, Shinya Yamato, Ichiro
[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
[ 掲載年月 ] 2011年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Chirality in planar cell shape contributes to left-right asymmetric epithelial morphogenesis
[ 全著者名 ] Taniguchi, Kiichiro Maeda, Reo Ando, Tadashi Okumura, Takashi Nakazawa, Naotaka Hatori, Ryo Nakamura, Mitsutoshi Hozumi, Shunya Fujiwara, Hiroo Matsuno, Kenji
[ 掲載誌名 ] SCIENCE
[ 掲載年月 ] 2011年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Crowding and hydrodynamic interactions likely dominate in vivo macromolecular motion.
[ 全著者名 ] Ando, Tadashi Skolnick, Jeffrey
[ 掲載誌名 ] PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
[ 掲載年月 ] 2010年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
分子動力学/自由エネルギー計算によるF-ATPase触媒部位への基質結合親和性の算出
[ 全著者名 ] Suenaga, Atsushi Umezu, Osamu Ando, Tadashi Yamato, Ichiro Murata, Takeshi Taiji, Makoto
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2008年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(日本語)
膜タンパク質ブラウン動力学シミュレーション法の開発
[ 全著者名 ] 金 完起, 伊藤 隆宏, 山登 一郎, 安藤 格士
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2007年 9月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(日本語)
Free energy landscapes of two model peptides: α-helical and β-hairpin peptides explored with Brownian dynamics simulation
[ 全著者名 ] Tadashi Ando and Ichiro Yamato
[ 掲載誌名 ] Molecular Simulation
[ 掲載年月 ] 2005年 8月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
FCANAL:Structure based protein function prediction method. Application to enzymes and binding proteins
[ 全著者名 ] Ayumi Suzuki,Tadashi Ando,Ichiro Yamato,and Satoru Miyazaki
[ 掲載誌名 ] Chemo-Bio Informatics Journal
[ 掲載年月 ] 2005年
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
A new implicit solvent model for Brownian dynamics simulation: Solvent-accessible surface area dependent effective charge model
[ 全著者名 ] Tadashi ANDO, Toshiyuki MEGURO and Ichiro YAMATO
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2004年 10月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Multiple Time Step Brownian Dynamics for Long Time Simulation of Biomolecules
[ 全著者名 ] TADASHI ANDO, YOSHIYUKI MEGURO and ICHIRO YAMATO
[ 掲載誌名 ] Molecular Simulation
[ 掲載年月 ] 2003年 6月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
Development of Multifunctional Object-Oriented Program Library for Molecular Simulation and Structure Analysis
[ 全著者名 ] Toshiyuki MEGURO, Tadashi ANDO and Ichiro YAMATO
[ 掲載誌名 ] Journal of Computer Chemistry, Japan
[ 掲載年月 ] 2003年 3月
[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文(外国語)
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