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Top > Back > 学術論文・プロシーディングス・著作の検索結果 37 件中 1‐30 件目

SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations

[ 全著者名 ] Isseki Yu, Takaharu Mori, Daisuke Matsuoka, Donatas Surblys, Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY

[ 掲載年月 ] 2024年 3月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a “squeezed” form distinct from its inward- and outward-facing forms

[ 全著者名 ] Hidetaka Kohga, Takaharu Mori, Yoshiki Tanaka, Kunihito Yoshikaie, Katsuhide Taniguchi, Kei Fujimoto, Lisa Fritz, Tanja Schneider, and Tomoya Tsukazaki

[ 掲載誌名 ] STRUCTURE

[ 掲載年月 ] 2022年 8月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein

[ 全著者名 ] Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] eLife

[ 掲載年月 ] 2022年 3月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules

[ 全著者名 ] Kiyoshi Yagi, Suyong Re, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY

[ 掲載年月 ] 2022年 2月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Optimized hydrogen mass repartitioning scheme combined with accurate temperature/pressure evaluations for thermodynamic and kinetic properties of biological systems

[ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation

[ 掲載年月 ] 2021年 7月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Efficient flexible fitting refinement with automatic error fixing for de novo structure modeling from cryo-EM density maps

[ 全著者名 ] Takaharu Mori, Genki Terashi, Daisuke Matsuoka, Daisuke Kihara, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Information and Modeling

[ 掲載年月 ] 2021年 6月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Multi-scale flexible fitting of proteins to cryo-EM density maps at medium resolution

[ 全著者名 ] Marta Kulik, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Frontiers in Molecular Biosciences

[ 掲載年月 ] 2021年 3月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein

[ 全著者名 ] Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Hisham M. Dokainish, Suyong Re, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] BIOPHYSICAL JOURNAL

[ 掲載年月 ] 2021年 3月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Implicit micelle model for membrane proteins using superellipsoid approximation

[ 全著者名 ] Takaharu Mori and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation

[ 掲載年月 ] 2020年 11月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion

[ 全著者名 ] Kazuaki Matoba, Tetsuya Kotani, Akihisa Tsutsumi, Takuma Tsuji, Takaharu Mori, Daisuke Noshiro, Yuji Sugita, Norimichi Nomura, So Iwata, Yoshinori Ohsumi, Toyoshi Fujimoto, Hitoshi Nakatogawa, Masahide Kikkawa, and Nobuo N. Noda

[ 掲載誌名 ] NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY

[ 掲載年月 ] 2020年 10月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Acceleration of cryo-EM flexible fitting for large biomolecular systems by efficient space partitioning

[ 全著者名 ] Takaharu Mori, Marta Kulik, Osamu Miyashita, Jaewoon Jung, Florence Tama, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] STRUCTURE

[ 掲載年月 ] 2019年 1月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Molecular mechanisms for dynamic regulation of N1 riboswitch upon binding different aminoglycosides

[ 全著者名 ] Marta Kulik, Takaharu Mori, Yuji Sugita, and Joanna Trylska

[ 掲載誌名 ] NUCLEIC ACIDS RESEARCH

[ 掲載年月 ] 2018年 11月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Dynamics of nitric oxide controlled by protein complex in bacterial system

[ 全著者名 ] Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Kanta Hosokawa, Raika Yamagiwa, Kimi Matsumoto, Shoko Ishii, Takaharu Mori, Kiyoshi Yagi, Hitomi Sawai, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshitsugu Shiro, and Takehiko Tosha

[ 掲載誌名 ] PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA

[ 掲載年月 ] 2017年 8月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

GENESIS 1.1: a hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms

[ 全著者名 ] Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yasuhiro Matsunaga, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Koichi Tamura, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY

[ 掲載年月 ] 2017年 7月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations

[ 全著者名 ] Osamu Miyashita, Chigusa Kobayashi, Takaharu Mori, Yuji Sugita, and Florence Tama

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY

[ 掲載年月 ] 2017年 6月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Tunnel formation inferred from the I-form structures of the proton-driven protein secretion motor SecDF

[ 全著者名 ] Arata Furukawa, Kunihito Yoshikaie, Takaharu Mori, Hiroyuki Mori, Yusuke V. Morimoto, Yasunori Sugano, Shigehiro Iwaki, Tohru Minamino, Yuji Sugita, Yoshiki Tanaka, and Tomoya Tsukazaki

[ 掲載誌名 ] Cell Reports

[ 掲載年月 ] 2017年 5月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Discrimination of native-like states of membrane proteins with implicit membrane-based scoring functions

[ 全著者名 ] Bercem Dutagaci, Kitiyaporn Wittayanarakul, Takaharu Mori, Michael Feig

[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation

[ 掲載年月 ] 2017年 5月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm

[ 全著者名 ] Isseki Yu, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Jaewoon Jung, Yuji Sugita, and Michael Feig

[ 掲載誌名 ] eLife

[ 掲載年月 ] 2016年 11月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms

[ 全著者名 ] Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES

[ 掲載年月 ] 2016年 7月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Dimensionality of collective variables for describing conformational changes of a multi-domain protein

[ 全著者名 ] Yasuhiro Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Journal of Physical Chemistry Letters

[ 掲載年月 ] 2016年 4月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Crystal structures of SecYEG in lipidic cubic phase elucidate a precise resting and a peptide-bound state

[ 全著者名 ] Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, and Tomoya Tsukazaki

[ 掲載誌名 ] Cell Reports

[ 掲載年月 ] 2015年 11月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Complete atomistic model of a bacterial cytoplasm for integrating physics, biochemistry, and systems biology

[ 全著者名 ] Michael Feig, Ryuhei Harada, Takaharu Mori, Isseki Yu, Koichi Takahashi, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING

[ 掲載年月 ] 2015年 5月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations

[ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] WIREs Computational Molecular Science

[ 掲載年月 ] 2015年 5月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Midpoint cell method for hybrid (MPI+OpenMP) parallelization of molecular dynamics simulations

[ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY

[ 掲載年月 ] 2014年 4月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Structural basis for Sec-independent membrane protein insertion by YidC

[ 全著者名 ] Kaoru Kumazaki, Shinobu Chiba, Mizuki Takemoto, Arata Furukawa, Ken-ichi Nishiyama, Yasunori Sugano, Takaharu Mori, Naoshi Dohmae, Kunio Hirata, Yoshiko Nakada-Nakura, Andrés D. Maturana, Yoshiki Tanaka, Hiroyuki Mori, Yuji Sugita, Fumio Arisaka, Koreaki Ito, Ryuichiro Ishitani, Tomoya Tsukazaki, and Osamu Nureki

[ 掲載誌名 ] NATURE

[ 掲載年月 ] 2014年 4月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Surface-tension replica-exchange molecular dynamics method for enhanced sampling of biological membrane systems

[ 全著者名 ] Takaharu Mori, Jaewoon Jung, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation

[ 掲載年月 ] 2013年 11月

[ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語）

Efficient lookup table using a linear function of inverse distance squared

[ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita

[ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY

[ 掲載年月 ] 2013年 10月