Top > Back > 学術論文・プロシーディングス・著作 の検索結果 43 件中 1‐30 件目
| Estimating protein conformational states from high-speed AFM images with molecular dynamics and deep learning |
| [ 全著者名 ] Katsuki Sato, Yui Kanaoka, Tomoya Tsukazaki, Takayuki Uchihashi, and Takaharu Mori |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Information and Modeling |
| [ 掲載年月 ] 2026年 4月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Phage lysis protein LysM acts as a wedge to block MurJ conformational changes |
| [ 全著者名 ] Hidetaka Kohga, Napathip Lertpreedakorn, Ryoji Miyazaki, Sixian Wu, Kaito Hosoda, Hiroyuki Tanaka, Yutaro S. Takahashi, Kunihito Yoshikaie, Yutetsu Kuruma, Hideki Shigematsu, Takaharu Mori, and Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] Science Advances |
| [ 掲載年月 ] 2025年 10月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| An empirical biasing force constant to minimize overfitting in cryo-EM flexible fitting refinement |
| [ 全著者名 ] Daisuke Matsuoka, Yuji Sugita, and Takaharu Mori |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Information and Modeling |
| [ 掲載年月 ] 2025年 9月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| AFM observation of protein translocation mediated by one unit of SecYEG-SecA complex |
| [ 全著者名 ] Yui Kanaoka, Takaharu Mori, Wataru Nagaike, Seira Itaya, Yuto Nonaka, Hidetaka Kohga, Takamitsu Haruyama, Yasunori Sugano, Ryoji Miyazaki, Muneyoshi Ichikawa, Takayuki Uchihashi, and Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] Nature Communications |
| [ 掲載年月 ] 2025年 1月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| GENESIS 2.1: High-Performance Molecular Dynamics Software for Enhanced Sampling and Free-Energy Calculations for Atomistic, Coarse-Grained, and Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Models |
| [ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Kiyoshi Yagi, Cheng Tan, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, Isseki Yu, Yasuhiro Matsunaga, Chigusa Kobayashi, Shingo Ito, Diego Ugarte La Torre, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B |
| [ 掲載年月 ] 2024年 6月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| YeeD is an essential partner for YeeE-mediated thiosulfate uptake in bacteria and regulates thiosulfate ion decomposition |
| [ 全著者名 ] Mai Ikei, Ryoji Miyazaki, Keigo Monden, Yusuke Naito, Azusa Takeuchi, Yutaro S. Takahashi, Yoshiki Tanaka, Keina Murata, Takaharu Mori, Muneyoshi Ichikawa, Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] PLOS BIOLOGY |
| [ 掲載年月 ] 2024年 4月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| SPANA: Spatial decomposition analysis for cellular-scale molecular dynamics simulations |
| [ 全著者名 ] Isseki Yu, Takaharu Mori, Daisuke Matsuoka, Donatas Surblys, Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY |
| [ 掲載年月 ] 2024年 3月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Crystal structure of the lipid flippase MurJ in a “squeezed” form distinct from its inward- and outward-facing forms |
| [ 全著者名 ] Hidetaka Kohga, Takaharu Mori, Yoshiki Tanaka, Kunihito Yoshikaie, Katsuhide Taniguchi, Kei Fujimoto, Lisa Fritz, Tanja Schneider, and Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] STRUCTURE |
| [ 掲載年月 ] 2022年 8月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| The inherent flexibility of receptor binding domains in SARS-CoV-2 spike protein |
| [ 全著者名 ] Hisham M. Dokainish, Suyong Re, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] eLife |
| [ 掲載年月 ] 2022年 3月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Weight average approaches for predicting dynamical properties of biomolecules |
| [ 全著者名 ] Kiyoshi Yagi, Suyong Re, Takaharu Mori, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY |
| [ 掲載年月 ] 2022年 2月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Optimized hydrogen mass repartitioning scheme combined with accurate temperature/pressure evaluations for thermodynamic and kinetic properties of biological systems |
| [ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Kento Kasahara, Chigusa Kobayashi, Hiraku Oshima, Takaharu Mori, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation |
| [ 掲載年月 ] 2021年 7月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Efficient flexible fitting refinement with automatic error fixing for de novo structure modeling from cryo-EM density maps |
| [ 全著者名 ] Takaharu Mori, Genki Terashi, Daisuke Matsuoka, Daisuke Kihara, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Information and Modeling |
| [ 掲載年月 ] 2021年 6月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Multi-scale flexible fitting of proteins to cryo-EM density maps at medium resolution |
| [ 全著者名 ] Marta Kulik, Takaharu Mori, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] Frontiers in Molecular Biosciences |
| [ 掲載年月 ] 2021年 3月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Elucidation of interactions regulating conformational stability and dynamics of SARS-CoV-2 S-protein |
| [ 全著者名 ] Takaharu Mori, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Hisham M. Dokainish, Suyong Re, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] BIOPHYSICAL JOURNAL |
| [ 掲載年月 ] 2021年 3月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Implicit micelle model for membrane proteins using superellipsoid approximation |
| [ 全著者名 ] Takaharu Mori and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation |
| [ 掲載年月 ] 2020年 11月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Atg9 is a lipid scramblase that mediates autophagosomal membrane expansion |
| [ 全著者名 ] Kazuaki Matoba, Tetsuya Kotani, Akihisa Tsutsumi, Takuma Tsuji, Takaharu Mori, Daisuke Noshiro, Yuji Sugita, Norimichi Nomura, So Iwata, Yoshinori Ohsumi, Toyoshi Fujimoto, Hitoshi Nakatogawa, Masahide Kikkawa, and Nobuo N. Noda |
| [ 掲載誌名 ] NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY |
| [ 掲載年月 ] 2020年 10月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Acceleration of cryo-EM flexible fitting for large biomolecular systems by efficient space partitioning |
| [ 全著者名 ] Takaharu Mori, Marta Kulik, Osamu Miyashita, Jaewoon Jung, Florence Tama, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] STRUCTURE |
| [ 掲載年月 ] 2019年 1月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Molecular mechanisms for dynamic regulation of N1 riboswitch upon binding different aminoglycosides |
| [ 全著者名 ] Marta Kulik, Takaharu Mori, Yuji Sugita, and Joanna Trylska |
| [ 掲載誌名 ] NUCLEIC ACIDS RESEARCH |
| [ 掲載年月 ] 2018年 11月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Dynamics of nitric oxide controlled by protein complex in bacterial system |
| [ 全著者名 ] Erina Terasaka, Kenta Yamada, Po-Hung Wang, Kanta Hosokawa, Raika Yamagiwa, Kimi Matsumoto, Shoko Ishii, Takaharu Mori, Kiyoshi Yagi, Hitomi Sawai, Hiroyuki Arai, Hiroshi Sugimoto, Yuji Sugita, Yoshitsugu Shiro, and Takehiko Tosha |
| [ 掲載誌名 ] PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA |
| [ 掲載年月 ] 2017年 8月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| GENESIS 1.1: a hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms |
| [ 全著者名 ] Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Yasuhiro Matsunaga, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Koichi Tamura, Motoshi Kamiya, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY |
| [ 掲載年月 ] 2017年 7月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Flexible fitting to cryo-EM density map using ensemble molecular dynamics simulations |
| [ 全著者名 ] Osamu Miyashita, Chigusa Kobayashi, Takaharu Mori, Yuji Sugita, and Florence Tama |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY |
| [ 掲載年月 ] 2017年 6月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Tunnel formation inferred from the I-form structures of the proton-driven protein secretion motor SecDF |
| [ 全著者名 ] Arata Furukawa, Kunihito Yoshikaie, Takaharu Mori, Hiroyuki Mori, Yusuke V. Morimoto, Yasunori Sugano, Shigehiro Iwaki, Tohru Minamino, Yuji Sugita, Yoshiki Tanaka, and Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] Cell Reports |
| [ 掲載年月 ] 2017年 5月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Discrimination of native-like states of membrane proteins with implicit membrane-based scoring functions |
| [ 全著者名 ] Bercem Dutagaci, Kitiyaporn Wittayanarakul, Takaharu Mori, Michael Feig |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Chemical Theory and Computation |
| [ 掲載年月 ] 2017年 5月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Biomolecular interactions modulate macromolecular structure and dynamics in atomistic model of a bacterial cytoplasm |
| [ 全著者名 ] Isseki Yu, Takaharu Mori, Tadashi Ando, Ryuhei Harada, Jaewoon Jung, Yuji Sugita, and Michael Feig |
| [ 掲載誌名 ] eLife |
| [ 掲載年月 ] 2016年 11月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms |
| [ 全著者名 ] Takaharu Mori, Naoyuki Miyashita, Wonpil Im, Michael Feig, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES |
| [ 掲載年月 ] 2016年 7月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Dimensionality of collective variables for describing conformational changes of a multi-domain protein |
| [ 全著者名 ] Yasuhiro Matsunaga, Yasuaki Komuro, Chigusa Kobayashi, Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] Journal of Physical Chemistry Letters |
| [ 掲載年月 ] 2016年 4月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Crystal structures of SecYEG in lipidic cubic phase elucidate a precise resting and a peptide-bound state |
| [ 全著者名 ] Yoshiki Tanaka, Yasunori Sugano, Mizuki Takemoto, Takaharu Mori, Arata Furukawa, Tsukasa Kusakizako, Kaoru Kumazaki, Ayako Kashima, Ryuichiro Ishitani, Yuji Sugita, Osamu Nureki, and Tomoya Tsukazaki |
| [ 掲載誌名 ] Cell Reports |
| [ 掲載年月 ] 2015年 11月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Complete atomistic model of a bacterial cytoplasm for integrating physics, biochemistry, and systems biology |
| [ 全著者名 ] Michael Feig, Ryuhei Harada, Takaharu Mori, Isseki Yu, Koichi Takahashi, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING |
| [ 掲載年月 ] 2015年 5月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| GENESIS: A hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations |
| [ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] WIREs Computational Molecular Science |
| [ 掲載年月 ] 2015年 5月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
| Midpoint cell method for hybrid (MPI+OpenMP) parallelization of molecular dynamics simulations |
| [ 全著者名 ] Jaewoon Jung, Takaharu Mori, and Yuji Sugita |
| [ 掲載誌名 ] JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY |
| [ 掲載年月 ] 2014年 4月 |
| [ 著作区分 ] レフェリー付学術論文（外国語） |
