生命情報学のシラバス情報

科目名称
Course title(Japanese)
生命情報学 科目番号
Course number
63MAMAI306
科目名称(英語)
Course title(English)
Bio-Informatics
授業名称
Class name
生命情報学
教員名 佐藤 圭子
Instructor Keiko Sato
開講年度学期 2022年度 前期
Year/Semester 2022 First Semester
曜日時限 木曜2限
Class hours Thursday, 2nd period
開講学科
Department
理工学部 情報科学科
外国語のみの科目
(使用言語)
Course in only foreign
languages (languages)
-
単位
Course credit
2.0 授業の主な実施形態
Main class format
対面授業/On-site class を行う.場合によってはオンライン授業(同期)/Online (synchronized remote) になることもある.
概要
Descriptions

生命科学と情報科学の関わりを学ぶ.
目的
Objectives

生命科学の基礎と情報科学の数理を習得し,生命情報学における様々な課題を知る.

本学科のカリキュラム・ポリシー「「専門科目」では,講義の他に,多くの実験,実習,演習等の授業科目を重点的かつ効果的に組み合わせることで専門知識を深化させ,併せて他の授業科目との関連や学問探求の方法を学ぶ.」に該当する科目である.
本学科のディプロマ・ポリシー「情報科学分野に応じた基礎学力と,その上に立つ専門知識」に該当する科目である.
到達目標
Outcomes

・生命科学の基礎を理解できる
・配列アライメントの必要性とその手法について理解できる
・配列間の遺伝的差異の導出方法について理解できる
・遺伝的差異をもとにした系統樹作成方法について理解できる 
履修上の注意
Course notes prerequisites
学生は,できるだけ全授業に遅刻することなく出席することが求められる.
授業に積極的に参加し,その時間内になるべく内容を理解するように努めることが望ましい.
アクティブ・ラーニング科目
Teaching type(Active Learning)
課題に対する作文
Essay
- 小テストの実施
Quiz type test
-
ディベート・ディスカッション
Debate/Discussion
- グループワーク
Group work
-
プレゼンテーション
Presentation
- 反転授業
Flipped classroom
-
その他(自由記述)
Other(Describe)
-
準備学習・復習
Preparation and review
各回の講義内容を復習し,内容を十分に理解したうえで,次の授業に臨むこと.
成績評価方法
Performance grading
policy

授業に出席していること、レポート類を提出していることを前提に、試験の結果で成績を評価する。
学修成果の評価
Evaluation of academic
achievement
・S:到達目標を十分に達成し、極めて優秀な成果を収めている
・A:到達目標を十分に達成している
・B:到達目標を達成している
・C:到達目標を最低限達成している
・D:到達目標を達成していない
・-:学修成果の評価を判断する要件を欠格している

・S:Achieved outcomes, excellent result
・A:Achieved outcomes, good result
・B:Achieved outcomes
・C:Minimally achieved outcomes
・D:Did not achieve outcomes
・-:Failed to meet even the minimal requirements for evaluation
教科書
Textbooks/Readings
・教科書を使用する場合は、MyKiTS(教科書販売サイト)から検索・購入可能ですので以下のURLにアクセスしてください。
https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/
 
・Search and purchase the necessary textbooks from MyKiTS (textbook sales site) with the link below.
https://gomykits.kinokuniya.co.jp/tokyorika/
参考書・その他資料
Reference and other materials
適宜資料を配布する
授業計画
Class plan
1 講義概要   
生命情報学の概要をつかみ,講義内容と目標を知る.

2 DNAの構造,複製
ゲノムとは何か,DNAはどのような構造をとるのか,DNAの複製がどのように行われるのかといった生命の基本を学ぶ.

3 遺伝子発現   
遺伝子とは何か,および遺伝子の発現過程を学ぶ.

4 DNAの変異
DNAの様々な変異を取り上げ,その変異が与える影響について学ぶ.

5 配列データベース
実際に公開されているDNAの配列を含めた生物情報の利用方法を学ぶ.

6 遺伝子領域の推定
ゲノム配列の中から遺伝子をコードしている領域を探しだす手法を知る.

7 配列のアライメント(1)   
アライメントとは何か,アライメントの必要性を理解する.

8 配列のアライメント(2)
動的計画法に基づくglobalアライメント法について学ぶ.

9 配列のアライメント(3)
動的計画法に基づくlocalアライメント法について学ぶ.

10 遺伝的差異(1)
塩基あるいはアミノ酸置換による遺伝的差異の導出方法を知り,多重置換について学ぶ.

11 遺伝的差異(2)
進化過程で生じた多重置換を考慮して塩基置換数を推定するKimuraの2変数法について学ぶ.

12 遺伝的差異(3)
前回に続き,Kimuraの2変数法における推定塩基置換数の導出方法について学ぶ.

13 分子系統樹(1)
分子系統樹とは何か,および系統樹の種類や樹形について学ぶ.

14 分子系統樹(2)
分子系統樹の作成方法の一つであるUPGMA法について学ぶ.

15 到達度評価
当該授業における達成度を到達度評価試験により確認する.
教職課程
Teacher-training course
実務経験
Practical experience
-
教育用ソフトウェア
Educational software
-
備考
Remarks
授業に関する必要な情報はLETUSの授業ページに掲載するので確認すること
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